ただし，52番 4'-エトキシアセトアニリド（別名フェナセチン)，
88番 クロロトリフルオロメタン（別名CFC-13)，
127番 1,2-ジクロロ-3-ニトロベンゼン，
164番 3,4-ジメチルアニリン，
168番 1,1'-ジメチル-4,4'-ビピリジニウム塩（ジクロリドを除く），
201番 テトラクロロジフルオロエタン（別名CFC-112)，
285番 ブロモクロロジフルオロメタン(別名ハロン-1211)，
290番 1,4,5,6,7,7-ヘキサクロロビシクロ［2.2.1］-5-ヘプテン-2,3-ジカルボン酸（別名クロレンド酸），
296番 ベンジリデン=ジクロリド，
305番 ホスゲン，
343番 9-メトキシ-7H-フロ[3,2-g][1]ベンゾピラン-7-オン，
344番 2-メトキシ-5-メチルアニリンの
12物質は，全国で排出量も移動量もありませんでした。
また，33番 1,1'-[イミノジ(オクタメチレン)]ジグアニジン(別名 イミノクタジン)，
48番 N,N'-エチレンビス(ジチオカルバミン酸)亜鉛(別名 ジネブ)，
136番 3',4'-ジクロロプロピオンアニリド(別名 プロパニル)，
149番 ジチオりん酸S-2-(エチルチオ)エチル-O,O-ジメチル(別名 チオメトン)，
150番 ジチオりん酸O-エチル-O-(4-メチルチオフェニル)-S-n-プロピル(別名 スルプロホス)，
186番 チオりん酸O,O-ジエチル-O-(6-オキソ-1-フェニル-1,6-ジヒドロ-3-ピリダジニル)(別名 ピリダフェンチオン)，
187番 チオりん酸O,O-ジエチル-O-2-キノキサリニル(別名 キナルホス)，
191番 チオりん酸O,O-ジメチル-S-{2-[1-(N-メチルカルバモイル)エチルチオ]エチル}(別名 バミドチオン)，
215番 2,2,2-トリクロロ-1,1-ビス(4-クロロフェニル)エタノール(別名 ケルセン)，
229番 2-(2-ナフチルオキシ)プロピオンアニリド(別名 ナプロアニリド)，
248番 ビス(ジチオりん酸)S,S'-メチレン-O,O,O',O'-テトラエチル(別名 エチオン)，
302番 ペンタクロロニトロベンゼン(別名 キントゼン)，
303番 ペンタクロロフェノール(別名 PCP)，
327番 N-メチルカルバミン酸2,3-ジヒドロ-2,2-ジメチル-7-ベンゾ[b]フラニル(別名 カルボフラン)，
328番 N-メチルカルバミン酸3,5-ジメチルフェニル(別名 XMC)，
337番 S-1-メチル-1-フェニルエチル=ピペリジン-1-カルボチオアート(別名 ジメピペレート)，
339番 <2-(1-メチルプロピル)-4,6-ジニトロフェノール(別名 ジノセブ)，
347番 りん酸2-クロロ-1-(2,4-ジクロロフェニル)ビニル=ジエチル(別名 クロルフェンビンホス)，
348番 りん酸2-クロロ-1-(2,4-ジクロロフェニル)ビニル=ジメチル(別名 ジメチルビンホス)，
349番 りん酸1,2-ジブロモ-2,2-ジクロロエチル=ジメチル(別名ナレド)，
351番 りん酸ジメチル=(E)-1-メチル-2-(N-メチルカルバモイル)ビニル(別名モノクロトホス)の
21農薬は，全国で使用がありませんでした。
なお，326番N-メチルカルバミン酸2-イソプロポキシフェニル(別名 プロポキスル)は，室内用殺虫剤としては使用されていますが，農薬としての使用はありませんでした。
裾切り以下の事業所，非対象業種の事業所からの排出については，大気・水域等の排出･移動先が不明であるため，排出先別排出量と移動先別移動量の推計はしないことにしました。また，物質ごとの推計排出量が毎年大きく変動していて信頼度が低いため，市区町村別の値は推計しないこととしました。
自動車からの排出量は走行量から推計され，家庭等からの排出量は，世帯数か人口や下水道普及率などから推計されており，これらの統計値は別に公開されていますし，これらの削減対策には，全国的な自動車排ガス規制や家庭用品規制，下水道普及などが必要になり，市区町村のみでの対応は困難ですので，市区町村別の排出量は推計しないこととしました。一方，比較的信頼度が高く，削減対策を採りやすいので，届出事業所からの大気及び水域への排出量は，事業所の所在する市区町村別に集計しました。
農薬の使用量について国は，使用場所や製剤の形状等に関係なく，使用量の全量が土壌へ排出されることとしています(検疫用臭化メチルくん蒸剤は使用量の全量，青酸くん蒸剤は使用量の0.5%を倉庫業からの大気への排出に割り振ることにしています）。しかし，散布された農薬が大気や水域にどれだけ揮散，流出するかは農薬の種類・形状だけではなく，散布方法，気象条件，地理的条件などにより変化します。そのため，農薬の使用量をそのまま土壌への｢排出量｣として取り扱うことには問題がありますので，ここでは，農薬は｢使用量｣として表示することにしました。
なお，一般に農薬は，いくつかの有効成分(｢原体｣と言われています)を一定の割合で含む｢製剤｣に各メーカーが商品名を付けて販売しています。このため，PRTR対象の125物質(原体)を含む824製剤ごとに使用量を推算した上で，この｢製剤別使用量｣に，各製剤の｢PRTR対象物質(有効成分)の含有率｣を掛けて，｢各製剤の対象物質(有効成分)換算の使用量｣が計算されます。
なお，農薬として使用されている可能性があった125種類のPRTR対象物質(無機シアン化合物を除く)のうち，14物質については，現在市販されている製剤には含まれていませんでした。
ただし，農薬の届出事業所からの排出量については，農業用等への使用量に比べて少量であり，大部分が特定の下水道業や廃棄物処理業からの排出量であり，また，下水道業や廃棄物処理業と比べて極端に大量に排出している信頼度の低い数値があり，届出値には｢排出量｣と｢使用量｣とが混在しているため，今回は無視することにしました。
さらに，農薬に含まれている有効成分以外の化学物質(アセトニトリル，直鎖アルキルベンゼンスルホン酸及びその塩(C=10-14)，エチルベンゼン，エチレングリコール，2,3-エポキシプロピル=フェニルエーテル，キシレン，クロロベンゼン，N,N-ジメチルホルムアミド，トルエン，フタル酸ジ-n-ブチル，ベンゼン，ほう素及びその化合物，ポリ(オキシエチレン)=アルキルエーテル(C=12-15))，ポリ(オキシエチレン)=オクチルエーテル，ポリ(オキシエチレン)=ノニルエーテル)についても，溶剤類は届出排出量に比べてごく少量であること，その他の物質についても少量のものが多く，使用後の大気と水域への排出率が不明であるために，事業所からの排出量と加算できないことから，考慮しないことにしました。
また，平成14年度から国が推計を始めた家庭内や側溝等で使用される殺虫剤および平成15年度から国が推計を始めたシロアリ防除剤にも，主に農薬の有効成分として使用される化学物質が含まれますが，これらについては，別に表記しました。
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